Возрождение
Необычность посвящения престола монастырского храма говорит об особом статусе возрожденной обители, храм должен был стать «собором Соборов», храмом церковных собраний, духовным центром Москвы. И то обстоятельство, что духовный центр православной столицы царь Иоанн Грозный создавал именно в Даниловом монастыре, говорит об огромном значении, которое придавалось месту, где был основан «первый на Москве» монастырь и где почивали святые мощи его основателя.
Иоанн Грозный установил обычай, по которому ежегодно вместе с митрополитом и собором духовенства посещал монастырь, где в определенный день совершались заупокойные службы по князю Даниилу.
Данилов монастырь во все времена жил жизнью, неотделимой от судьбы России, всего русского народа. И хотя после своего возрождения он претерпел множество бедствий, во всех испытаниях он неизменно получал чудесную помощь и заступничество от своего святого основателя — благоверного князя Даниила.
В конце ХVI — начале ХVII вв. Данилов монастырь оказался в центре военных и государственных событий. Особенно отличился он в отражении набега войск крымского хана Казы-Гирея в 1591 г. Русское командование, получив сведения о численности неприятельской армии, отказалось от намерения остановить ее на Оке и отвело полки с пограничных укреплений к столице.
В 1606 г. близ Данилова монастыря произошло сражение крестьянских войск И. И. Болотникова с армией царя В. И. Шуйского. Полки под управлением военачальника Михаила Скопина-Шуйского нанесли поражение восставшим. В 1608 г. под стенами Данилова монастырь был казнен один из атаманов восставших самозванец Илейко Муромец, «лжецаревич Петр».
В 1652 г. были чудесным образом обретены святые мощи преподобного и благоверного князя Даниила. Тогда же благоверный князь Даниил был прославлен Русской Православной Церковью в лике святых. (Подробнее см. «Князь Даниил».)
В XVII и XVIII вв. монастырь продолжал строиться и благоукрашаться, в нем освящались новые престолы. И всё это, главным образом, — благодаря попечению о нем русских государей и благотворителей. Был возведен новый храм в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, каменные стены и башни, Святые врата, надвратная церковь и колокольня, Настоятельский корпус.
В 1833–1838 гг. по проекту архитектора Осипа Бове на средства благотворителей монастыря купцов-дворян братьев Константина, Александра и Валентина Куманиных, а также купцов братьев Андрея, Петра и Викола (Вукола) Шестовых был возведен величественный Троицкий собор, который освящал митрополит Московский Филарет (Дроздов), причисленный ныне к лику святых.
В первом десятилетии XX в. монастырь неоднократно становился центром московских церковных событий и торжеств. В 1902 г. здесь был открыт приют для престарелых монашествующих Московской епархии. Вскоре больничные палаты соединили с надвратной церковью преподобного Симеона Столпника. Ее обновили на средства одной из благотворительниц. 12 апреля 1903 г. Москва торжественно отпраздновала 600-летие со дня кончины святого князя Даниила. Состоялся крестный ход из Кремля в Данилов монастырь. Рано утром многотысячная толпа наполнила Красную и Кремлевскую площади, люди стояли и на всем пути от Кремля к Даниловой обители. После молебствия в Успенском соборе крестный ход отправился в путь, в нем приняли участие все московские церкви, несли хоругви из всех кремлевских соборов и монастырей.
Под непрерывный колокольный звон близлежащих храмов навстречу крестному ходу выходило духовенство с хоругвями и храмовыми иконами. В Даниловом монастыре в двух храмах была совершена Божественная литургия, после чего крестный ход в том же порядке отправился обратно в Кремль. В течение целого дня в монастыре у мощей святого князя Даниила совершались непрерывные молебствия. В память об этом событии тысячам богомольцев были розданы выпущенные в Даниловом монастыре литографии с изображением святого князя Даниила. В 1909 г. в монастыре широко отметили 100-летнюю годовщину со дня рождения Н. В. Гоголя. В торжествах приняло участие большое количество народа. В связи с юбилеем великого писателя монастырь издал литографию с его портретом, видом могилы и изречениями из его сочинений.