Архитектура
В 70-е гг. XVII в. вблизи старого соборного храма Святых Отцов строится ансамбль монастырской трапезной с двумя сопредельными храмами: в честь Покрова Пресвятой Богородицы и во имя святого пророка Божия Даниила (с именем этого святого князь Даниил был пострижен перед смертью в схиму). Здание трапезной было вытянуто с востока на запад, храмы имели каждый свою алтарную апсиду и главку луковичной формы. С западной стороны к трапезной примыкали две ризничные палатки. Еще одна прямоугольная палатка, составляющая одно целое с храмом пророка Даниила, примыкала с северной стороны, в поздних описях она именуется вместе с галереей «погребальной». Завершала весь ансамбль шатровая колокольня.
К началу XVIII в. старый храм Святых Отцов настолько обветшал, что в нем стало опасно служить. Было принято решение о его сносе и возведении нового. В 1729 г. был издан соответствующий указ. Храм XVI в. разобрали до основания, были также разобраныи верхи (главы, барабаны, кровли) Покровского и Даниловского храмов, своды трапезной и сделаны новые, пониженные своды. Покровский и Даниловский храмы стали нижним, цокольным этажом, на котором и был возведен новый храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. Он был освящен всего лишь через год после начала работ — 31 августа 1730 г.
Первоначально сопредельные храмы — Покровский и во имя пророка Даниила — имели каждый свою апсиду, а общий четверик, разделенный внутри капитальной стеной на два почти равных объема, венчали две главки. Каждый из храмов сообщался с трапезной. Надо отметить, что подобное композиционное решение, когда нет подчинения объема придела объему основного храма, встречается нечасто.
Основной объем верхнего храма в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов представляет собой двухсветный четверик с трехчастной апсидой и небольшой трапезной. Алтарь верхнего храма находится точно над алтарем нижнего.
Существующая ныне планировка Покровского храма относится к XVIII в., когда была возведена дополнительная капитальная стена с арочным проемом, при этом были заложены два окна и разобрана стена между Покровским и Даниловским храмами. Описи стали называть Покровский храм основным, а Даниловский — приделом.
С трех сторон храм был окружен открытой галереей-гульбищем с двумя крыльцами. Храм венчали стройный барабан, главка луковичной формы и крест сложной формы — в верхней части креста — два Ангела, несущие корону, — знак царского вклада в монастырь. Храм Святых Отцов был расписан в 1736 г. живописцем Григорием Яковлевым.
Шатровая колокольня была разобрана сразу после 1746 г., когда достроили колокольню над Святыми вратами, но разобрали ее не полностью — остались два нижних яруса, на которых и возвели новую церковь преподобного Даниила Столпника (старейший престол Данилова монастыря). Храм состоит из четверика и двух восьмериков, увенчан восьмигранным барабаном с главкой. Столп этого храма вытянут на высоту, почти равную высоте соборной церкви. Оба храмовых здания органично соседствуют друг с другом и даже кажутся одновременными постройками.
В 1805–1806 гг. начался новый этап перестройки: были разобраны обветшавшие боковые крыльца, которые вели на галереи соборного храма, а взамен с западной стороны сделаны две пристройки с новыми лестницами в два марша для подъема в верхний храм и новое крыльцо с белокаменными ступенями.
На средства статского советника Глеба Алексеевича Владыкина устроены два новых придела:
во имя преподобного и благоверного князя Даниила Московского (северный)
и святых благоверных князей Бориса и Глеба (южный). Для этого вместо открытых промежутков между столбами ограждения сделали оконные проемы и возвели поперечные стены с арочными проемами. В эти годы белокаменные полы в соборном храме были накрыты чугунными плитами с орнаментальным украшением. В 1857 г. архитектор Евграф Дмитриевич Тюрин сделал проект расширения оставшейся части северной и южной галерей, включив их в состав Даниловского и Борисоглебского приделов.
В 1857–1862 гг. были разработаны проекты новых иконостасов для Покровской церкви и храма Святых Отцов Семи Вселенских Соборов с приделами. Новые иконостасы делались, видимо, в связи с утратой прежних во время очередного пожара, от которых храм неоднократно страдал. Известно, что он «исправлялся» в 1812, 1857, 1867, 1884, 1898 гг., возобновлялись как иконостасы, так и настенная живопись.
Наружное оформление храма состояло из наличников с треугольными фронтонами, карнизов, поясков, выполненных из тесаного кирпича и белого камня. Украшением служили полихромные горельефы с изображением четырех евангелистов «в рост». Эту работу приписывают известному мастеру изразцовых (ценинных) дел Степану Иванову (по прозвищу Полубес). Фасады храма, начиная с XVIII в., традиционно окрашивались в два цвета: фон стен — охрой, а выступающие части: пояски, лопатки и другие — известью. Кровли красились медянкой (зеленой краской, получаемой путем окисления меди). Купола и кресты золотились.
На северной стене придела пророка Даниила в XVIII–XIX вв. имелись две памятные доски: первая, с записью о кончине князя Даниила (утрачена во время перестройки северного фасада в конце XIX в.), вторая — о перенесении мощей его мощей в 1652 г. — была помещена на столп поздней галереи и сохранилась до настоящего времени. Анализ текста и его оформление показывают, что это не копия, а подлинное изделие, близкое по времени к описанному в тексте событию. Таким образом «собор всех Соборов» возводился у святых мощей основателя династии великих князей и царей Московских и вверялся его покровительству.
В 1891 г. у северной стороны Покровского храма Елизавета Андреевна Дашкова устроила отдельный придельный храм во имя святых праведных Захарии и Елисаветы над могилой своего мужа известного этнографа, мецената, директора Румянцевского музея Василия Андреевича Дашкова.
В конце XIX — начале XX в. наиболее заслуживающей внимания была работа по устройству усыпальницы купцов братьев Ляпиных, расположенной в подклете и первом этаже храма Святых Отцов. Следует отметить, что эта усыпальница была оформлена по проекту самого Федора Осиповича Шехтеля, бывшего в то время председателем Московского архитектурного общества. Усыпальница была устроена в два яруса: на нижнем, находилась крипта, на верхнем — часовня с витражами. К сожалению, ни работ знаменитого архитектора: витражей, резных дубовых панелей, ажурных литых и кованых решеток, — ни стенописи не сохранилось, как и не сохранились и захоронения.