На землях, где сегодня находится Данилов монастырь, на протяжении многих столетий шла активная жизнь. Раскопки 1980-х гг. и археологических изысканий последних лет позволяют делать вывод о наличии в данном месте самого большого московского поселения. По сравнению со всеми остальными городищами и селищами Москвы Даниловское не только самое большое, но и самое древнее.

Дальнейшая история Данилова монастыря связана с именем великого князя Иоанна Данииловича Калиты, сына основателя Даниловой обители. В 1330 г. князь Иоанн перевел даниловскую братию в Кремль, где на месте деревянной церкви построил каменный трехапсидный храм, сделав его центром нового великокняжеского монастыря, получившего название Спасского.

Возрождение Данилова монастыря на его первоначальном месте произошло во время царствования Иоанна Грозного. К этому времени от обители сохранилось лишь «небрегомо» место Даниловское, и здесь царским иждивением были воздвигнуты новый каменный собор в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, деревянные кельи и другие необходимые постройки.

События 1917 г. перевернули весь ход истории не только Данилова монастыря, но и всей страны. Начались невиданные доселе богоборческие гонения на веру. Именно во время этих испытаний древнему Данилову монастырю суждено было пережить небывалый духовный расцвет и сыграть важную роль в истории Русской Православной Церкви XX в.

На протяжении долгих семи веков Данилов монастырь неоднократно пытались уничтожить, но каждый раз предстательством своего святого основателя и покровителя обитель возрождалась заново.

Данилов монастырь ставропигиальный, т. е. настоятелем его является Святейший Патриарх Московский и всея Руси. Повседневной жизнью монастыря управляет его наместник. За основу богослужебной жизни возрожденной обители был принят Устав Троице-Сергиевой лавры, да и многие из братии — постриженики лавры.

По словам краеведа Марины Чусовой, речь идёт о Безымянном ручье, который, согласно картам XVIII века, начинался где-то у ворот Земляного города. В XIX веке он берет свое начало уже из болота на месте нынешнего музея Московской железной дороги возле Павелецкого вокзала.

Нельзя не сказать об уникальном Даниловском некрополе, который ведет свою историю от древнего братского монастырского кладбища. В период с XVI по XIX вв. захоронения велись на всей территории монастыря, здесь издавна погребались не только монахи, но и миряне. Предоставление места последнего упокоения на благодатной монастырской земле, уход за могилами, возжигание лампад, совершение панихид — всё это традиционное монашеское служение.